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Den Rang eines Jōnin (上忍, "Hoher Ninja") können nur Ninja mit Erfahrung erreichen. Das Aufstiegen von einem Chūnin zu einem Jōnin beansprucht viel Training in allen Kategorien. Jōnin sind für A-, beziehungsweise B-, oder S-Missionen zuständig. Erfahrene Jōnin werden in S-Missionen eingeteilt. Sie werden dabei immer von einem Iryōnin begleitet.

Allerdings können Jōnin auch Teams übernehmen und diese leiten. Sie werden oft auch als Sensei für die Genin eingeteilt. Da sie die absolute Elite des Dorfes stellen, gibt es nur sehr wenige von ihnen, doch ist ihre Kampfkraft normalerweise nur der eines Kage unterlegen.

Bekannte Jōnin aus Konohagakure

Asuma Sarutobi †	Chōza Akimichi	Dan †	Fugaku Uchiha †
Hizashi Hyūga †	Homura Mitokado	Inoichi Yamanaka	Kakashi Hatake
Koharu Utatane	Kurenai Yūhi	Might Guy	Neji Hyūga †
Sakumo Hatake †	Shibi Aburame	Shikaku Nara	Shizune

Bekannte Jōnin aus Sunagakure

Baki	Chiyo †	Ebizō	Kankurō
Otokaze	Sasori †	Temari	Yūra

Bekannte Jōnin aus Iwagakure

Deidara †

Kakkō

Mahiru

Taiseki

Bekannte Jōnin aus Kirigakure

Zabuza Momochi †

Bekannte Jōnin aus Kumogakure

C

Darui

Yugito Nii †

Bekannte Jōnin aus Otogakure

Orochimaru

Bekannte Jōnin aus Takigakure

Kakuzu †